核磁共振属于影像学检查方法的一种，它对软组织的分辨率比较高，所以适合于全身的很多疾病，比如在头部它可以检查患者是否有脑出血、脑梗塞、脑部的先天性血管畸形、脑部的外伤、脑肿瘤等，在乳腺可以判断患者是否有乳腺的占位性病变，并初步判断占位性病变的性质，在腹部核磁共振可以判断患者是否有肝脏、脾脏、胆囊、胰腺，以及肾脏的占位性病变。
此外，核磁共振在妇产科也有一定的应用，它可以判断患者是否有子宫的占位性病变，对怀孕三个月以后的胎儿疾病也可以有一定的初步诊断。此外，它在中枢神经系统，比如脊柱也可以起到很好的诊断作用。