儿童抑郁症患者的治疗选择与成人相似，包括心理治疗和药物治疗。对于初发急性期或症状轻的儿童抑郁患者应首选心理治疗，但如在4~6周的心理治疗后患者病情无明显改善，或诊断为重度抑郁症，则有必要进行药物干预。
一、药物治疗
1、三环抗抑郁药：如丙米嗪、阿米替林、多塞平、氣米帕明等。此类药物毒副作用大，用药应从小剂量开始。抗抑郁药无效者可改用5-羟色胺再摄取抑制剂，如氟西汀。
2、选择性5-羟色胺再摄取抑制剂：
（1）选择性5-羟色胺再摄取抑制剂，如氟西汀、依他普仑、舍曲林、帕罗西汀等，舍曲林对儿童青少年抑郁症具有良好的治疗效果，且起效迅速。
（2）氟西汀和依他普仑用于儿童青少年抑郁症的临床治疗，与用于成人抑郁症相比，这些抗抑郁药物的治疗效果较差。氟西汀可联合特定心理疗法治疗青少年(12~18岁)中重度抑郁症；对于5~11岁的儿童，仅在4~6次心理治疗后再谨慎考虑联合应用氟西汀。
（3）服用抗抑郁药物会出现不良反应，最常见的是头痛、腹痛、头晕和恶心，如帕罗西汀、氟西汀和舍曲林易引发情绪失常，米氮平会增加代谢副作用(如食欲增加、体质量增加和高脂血症)。
（4）氟西汀是儿童重度抑郁症的一线治疗药物，但应特别注意平衡自杀风险和临床需求。针对儿童青少年急性期抑郁，14种抗抑郁药中仅氟西汀的疗效显著优于安慰剂，而丙咪嗪、文拉法辛及杜洛西汀因不良反应停药的比例显著高于安慰剂。
二、手术治疗
本病无手术治疗。
三、物理治疗
1、重复经颅磁刺激术(rTMS)：重复经颅磁刺激术是一种非侵入性无痛无创的绿色疗法，它是利用电生理治疗技术，使用高频磁刺激大脑左背外侧前额叶，增强局部神经元活动，使用低频磁刺激右前额叶，减弱局部神经元活动，两者均可产生抗抑郁作用。重复经颅磁刺激术治疗儿童青少年抑郁症存在短暂的副作用，如头痛、头皮不适、听力损害等。因此，有必要进一步确定重复经颅磁刺激术在儿童青少年抑郁症患者中的临床耐受性、安全性和临床效果。
2、电休克疗法：又称电痉挛治疗、电惊厥治疗，是利用短暂适量的电流刺激大脑，引起患者短暂意识丧失和全身抽搐的一种治疗精神疾病的方法，已被发现是一种有效和安全的治疗青少年精神疾病的方法。对于难治性青少年抑郁症疗效显著，但会导致一些不良反应，并对认知功能有损害。
四、心理治疗
大量临床研究支持心理治疗作为儿童轻度抑郁症的首选一线治疗方法。常用的心理疗法有认知行为疗法(CBT)、人际心理疗法(IPT)等。
1、认知行为疗法(CBT)：认知行为疗法是一种具有强结构性的短程心理疗法，通过改变患者对自己、他人或事件的看法与态度来消除不良的情绪和行为。
1、认知行为疗法的核心理念：：情境只是诱发事件，认知才是反应产生的原因，问题的根源在于认知。
2、典型的认知行为疗法主要过程如下：：医生需与抑郁症患者进行一对一的沟通交流，最先以2次/周的频率进行心理治疗，1个月后改为1次/周，每次心理干预的时间为45~60min。
3、认知行为疗法治疗内容主要包括：：1、认知治疗，有效了解抑郁症患者的病情及病因，通过训斥不合理信念、认知家庭作业、转变自我暗示等方式帮助患者建立正确的认知观念。
2、行为治疗，主要是布置家庭作业，在实践中实行合理的新理念，对于不同患者采取不同的行为矫正技术。认知行为疗法的疗效取决于医生与患者间的相互信任程度与合作程度，比起其他治疗方式，患者更愿意配合参加认知行为疗法。在治疗过程中，医生需随机应变并表现出愿意倾听患者意见的态度。
2、人际心理疗法(IPT)：人际心理疗法是一种简短的、以依恋为中心的心理疗法，旨在解决人际关系中的难题，缓解患者的抑郁情绪。成人版的人际心理疗法疗程一般在12~16周内，儿童青少年的疗程相对更短，且父母的参与感更强。在人际心理疗法治疗过程中，医生需帮助患者确定所处的困境，并培养其应对困境的能力，以改善患者的抑郁症状。当患者学会解决问题的方案后，可以借此解决人际关系中出现的问题。相比于其他治疗方式，患者更能接受人际心理疗法且耐受性更好，这是因为与认知行为疗法相比，人际心理疗法以更间接的方式改善症状，患者可能认为这是一种低刺激且过程相对愉悦的治疗，因此可接受性与耐受性更好。