首都儿科研究所附属儿童医院保健科，是建院时即组建的以儿童内科为基础，以保健为特色的临床科室。保健科与我国儿童保健事业的发展密不可分，一直是国家儿童保健领域的龙头单位，承担着政府儿童早期发展的重要管理职能。多年来在历任所院领导的关怀下，逐渐发展壮大，儿保理念不断创新，专业设置更加完善，已经成为医院的特色科室。科室现有医务人员28人，其中主任医师3人，副主任医师3人，主治医师8人，住院医师6人，经验丰富的主管护师5人，护师3人。
按照国家卫生健康委儿童保健专业框架设置儿童营养、生长发育、儿童语言言语、儿童心理、儿童早期发展、特殊健康状态的疫苗接种咨询、五官保健、健康体检等门诊。
科室配备有心理测查、智能测查、语言测查室；引进先进的无创、无辐射性超声设备检测儿童骨强度；采用视力筛选仪进行视力筛查；近年来还开展了儿童骨龄评价、营养与进食行为评估等工作。科室人员业务素质过硬，技术力量雄厚，在生长迟缓、性早熟、营养不良、肥胖、语言落后、构音障碍、特殊健康状态儿童疫苗接种咨询及多学科管理等方面处于国内领先水平。
在促进儿童早期发展的基础上，积极开展人工智能骨龄评价、营养膳食评价、不明原因智能落后的基因和分子诊断及医工、医信方面的转化医学研究。作为我国最早建立儿童保健专业的三级甲等专科医院，62年发展中形成的专科特色和较强的诊疗能力吸引越来越多的疑难患者慕名而来，专科实力在全国具有较强的辐射力和影响力。
科室承担北大医学部临床医学系及协和医学院儿科教学任务，北京大学医学部和协和医学院研究生培养工作，全科医师和住院医师规范化培养工作。定期进行儿童心理行为发育测评、语言言语评估、营养膳食评价等培训。培养指导老师的教学能力，通过评教评学提高水平。
保健科目前承担国家重点研发计划、国家卫生健康委、北京市首都医学发展科研专项基金、北京市医院管理局等科研项目，在研课题共9项，近年来在国内外发表论文50余篇。每年派出青年医师到国内外儿童医院进行临床科研进修培训，不断更新本专业发展动态知识，敏锐把握前沿领域。
科室理念为促进儿童早期全面发展，发挥出其基因所能承载的最大潜能。
