首都医科大学附属北京儿童医院胸外科建于1972年，是目前国内专门独立从事儿童普胸外科疾病诊治的专业之一，居国内小儿胸外科领域领先地位。胸外科现有正主任医师3名，副主任医师1名，主治医师2名，住院医师3名，设有床位24张。现每年施行胸外科手术量约1100例。
胸外科专业特色：漏斗胸微创NUSS手术，特别是复杂胸壁畸形的微创综合诊治；胸部肿瘤、肺部疾病的胸腔镜微创手术技术；纵隔肿瘤、先天性肺疾病的达芬奇机器人手术。
漏斗胸是发病率最高的胸壁畸形，从上世纪80年代始，胸外科采用“胸肋骨V形截骨矫形”治疗漏斗胸，术后效果良好，先后取得了北京市级“漏斗胸科研奖”、“研制漏斗胸器械奖”等两项奖项。
2000年，北京儿童医院胸外科开始对漏斗胸微创手术进行了探索，于2002年正式引进漏斗胸微创NUSS手术专用器械及内植入支架。该术式于1998年由美国DonaldNuss医生首先报道，因其切口小而隐蔽，手术时间短，出血少，术后恢复快，不需要游离胸壁肌肉皮瓣，不需切除肋软骨及胸骨，可以长期保持胸部伸展性、柔韧性、弹性，被称为胸壁矫形手术的革命，在漏斗胸手术治疗历史上具有里程碑意义。
经过10余年的经验总结，目前北京儿童医院胸外科可完成各种复杂、不对称、复发等胸壁畸形手术，并在标准NUSS术式的基础上进行了多项有益的改良，包括手术技术的改良以及手术器械的改良。根据不同类型的漏斗胸，采用不同的手术方式。经过技术改良，手术切口已减小到1cm，切口更加隐蔽，手术更加安全，更加微创。
现已实施各种漏斗胸微创NUSS手术5200余例，手术技术及诊治水平居国内领先，也是世界上实施此手术最多的医院之一。2008年，胸外科在NUSS手术治疗漏斗胸的基础上，应用微创NUSS手术原理率先在国内开展微创手术治疗鸡胸，现已实施微创胸骨沉降术治疗鸡胸460余例，是世界上最早实施此手术也是完成例数最多的医院之一。
近年来，胸外科专业在国内率先开展应用悬吊法腔镜辅助技术治疗叉状肋，已通过新技术新项目申报。由曾骐教授作为第一发明人申报的国家专利“鸡胸矫形器”已应用到临床。通过多年的经验积累和总结，胸外科团队申报的“胸壁畸形微创矫形技术相关研究的应用与推广”获得2019年北京医学科技奖三等奖。
北京儿童医院胸外科先后于2007年、2009年、2010年、2011年、2013年、2015年、2019年分别在北京、杭州、广州、上海、香港等地举办共七届全国胸壁矫形研讨会暨微创NUSS手术学习班。
累计吸引了来自全国各地包括港澳台地区，以及韩国、瑞典、泰国、马来西亚等地学员千余名，会议对规范微创漏斗胸NUSS手术技术，减少手术并发症等起到了积极有益的作用。2007年Nuss医生特别授权北京儿童医院为中国胸壁矫形微创NUSS手术培训中心。
从1998年起胸外科开展小儿胸腔镜手术，用胸腔镜诊断治疗小儿胸部疾病取得了良好的效果。十余年来不断扩大胸腔镜在小儿胸外科领域的应用，包括胸腔镜肺、胸膜、纵隔疾病的活检，肺囊性病、纵隔肿瘤、脓胸、乳糜胸、漏斗胸、贲门失驰症、膈疝以及心包开窗等手术。
目前约有90%的胸部手术采用微创技术，自2020年12月开展达芬奇机器人手术，主要应用于纵隔肿瘤和先天性肺疾病。目前承担多项科技部、北京市医管中心、北京市科委、教委等课题项目。近5年在国内核心期刊发表多篇论文，SCI收录8篇。胸外科专业申报专利14项，获得国家发明专利证书2项，实用新型专利证书11项，有1项发明专利正在实质审查阶段。
特色项目：微创胸壁矫形手术(漏斗胸微创NUSS术，鸡胸微创胸骨沉降术等)、儿童胸腔镜手术(肺叶切除术、纵隔肿瘤切除术、胸腔肿瘤切除术、膈疝修补术、膈肌折叠术、肺活检术等)、达芬奇机器人辅助胸腔镜手术。
优质设备：儿童胸腔镜系统、胸壁畸形测压系统(自主知识产权)、达芬奇机器人
便民举措：周一全天胸外科特需门诊、周三上午胸外科特需门诊、周三下午胸外科专业门诊、周四上午胸外科特需门诊、周四下午胸外科专业门诊、周五上午胸外科专业门诊、周五下午胸外科互联网门诊；开通胸外科咨询随诊电话。
创新成果：微创胸壁矫形手术技术、微创胸壁矫形手术相关器械。
