抗抑郁药物最常见的不良反应是胃肠道症状(恶心呕吐和腹泻)、激越、坐立不安、性功能障碍以及偏头痛和紧张性头疼等，某些SSRIs还会增加跌倒或体重增加等风险。另外以下情况也应该关注。
1、5-ht综合征：临床表现有恶心呕吐、腹痛颜面潮红、多汗、心动过速、激越、震颤、腱反射亢进、肌张力增高等。病情进展可出现高热、呼吸困难、抽搐、酸中毒性横纹肌溶解、继发球蛋白尿、肾衰竭、休克和死亡
2、撤药综合征：约20%使用抗抑郁药的患者在服用一段时间的抗抑郁药后停药或减药时会出现撤药综合征。撤药综合征的发生与抗抑郁药的种类关系不大，当使用抗抑郁药时间较长或是服用半衰期较短的药物时易发生。
3、自杀：虽然目前尚无肯定结论证实抗抑郁药与自杀的关系，但是抗抑郁药物在使用初期因抗抑郁效果尚未显现，而抗抑郁药的不良作用往往就已显露，加之疾病本身就会使患者自杀风险增高，因此在治疗初期应注意评估患者的自杀风险。
