躯体化障碍要与躯体疾病、焦虑障碍、抑郁障碍疑病障碍相鉴别。
1、躯体疾病：长期患躯体化障碍的患者也可能发生实际的、器质性的病变。如果病人躯体主诉的重点和稳定性发生转化，也应考虑进一步检查和会诊。
2、焦虑障碍：惊恐发作时也有躯体主诉，但间歇期通常不明显。如果惊恐发作期以外出现躯体症状，可分开诊断。
3、抑郁障碍：抑郁时也可有躯体主诉，尤其是隐匿性抑郁症患者往往主诉有多种躯体症状，而本身抑郁症状则被掩盖其中，因此鉴别相对较困难。这类患者通常以胃肠道症状更多见，如果做抑郁量表评定常可体现出轻度的抑郁。
4、疑病障碍：躯体化障碍病人关注的重点是症状本身；而疑病障碍患者重点更多地防在自身是否存在严重的疾病，甚至怀疑疾病可能引起严重的致残后果。患者往往会要求进行一系列检查，以证实疾病存在和性质。相比而言，躯体化障碍病人往往是要求通过治疗消除症状。
