干细胞的使用还在临床研究阶段，通过临床研究以及观察，干细胞主要用于医疗方面。干细胞的特点是终生处于低分化或未分化状态，具有多向分化能力，可以分化为不同类型的细胞，并且干细胞能无限分裂增殖。但具体是否可以使用，需要在专业医生指导下明确。
临床上常用的干细胞一般是造血干细胞，造血干细胞主要来源于骨髓，也可以被体内的造血因子动员到外周血中，还可以从脐带血提取，这些造血干细胞均可用于重建造血与免疫系统。
医学上常用的技术是造血干细胞移植，也叫骨髓移植，通常用于治疗血液系统疾病及部分肿瘤疾病，如白血病、地中海贫血、再生障碍性贫血、淋巴瘤、骨髓瘤等。如果患者通过常规治疗方法，比如药物治疗、手术治疗等，治疗效果差的，可以考虑在医生指导下进行造血干细胞移植。
造血干细胞移植可以清除患者体内原有的病变干细胞、消灭体内原有的造血免疫系统，再将正常的供体或自身的造血干细胞移植进体内，这种方法有助于延长患者生存时间，改善患者不适症状。
