精神疾病的原因按照病因学可以从三方面来分析：
第一类是器质性精神障碍，这类患者脑器质往往受到了损害，比如车祸所致的脑外伤和脑出血、脑梗塞、脑萎缩等。这类疾病治疗起来比较困难，只有患者原发疾病好转后，精神症状才能得到一定的控制。
第二类发病原因有可能是精神活性物质使用后所致的精神障碍，常见的比如酒精。这是因为精神活性物质作用于脑内的神经递质，造成了脑内神经递质紊乱，从而产生精神症状。治疗方面首先要排除精神活性物质的依赖和使用，其次，再对症治疗其他的精神症状。
第三类精神疾病可以理解为原发性精神疾病，往往这一类是功能性的疾病，常见的比如精神分裂症和焦虑症等。
这些疾病需要针对于患者的症状，具体选择药物来治疗。原发性的精神疾病，常见原因可以由社会因素和患者个体的心理因素，以及患者脑内神经递质紊乱的因素形成。
