儿童甲亢首选药物治疗，甲亢药物分甲巯咪唑和丙硫氧嘧啶，但儿童基本用甲巯咪唑，临床常用药为赛治。但治疗甲亢同时有副作用，最常见的是皮疹。因此，服药治疗后复诊，医师都会问是否出现皮疹。此外，还需关注是否有中性粒细胞抑制、肝功能影响等副作用。因此，甲亢患儿复诊时除需关注甲状腺功能控制情况，还需定期复查血常规、肝功能，也属于监测药物副作用的内容。
若出现副作用，如出现皮疹，可以尽量用抗过敏药物缓解。若用药后皮疹能消失，则可继续服用治疗甲亢的药物。如服用抗甲状腺药物后中性粒细胞低，可给予升白细胞药物，如果白细胞能恢复正常水平，则也可以继续服用药物治疗。出现肝功能副作用，处理也大致类似。如果副作用在控制范围之内，可以继续服用药物，如果副反应很重，可能需要手术治疗，但手术并非儿童甲状腺疾病的第一治疗方案。
