胃镜是检查上消化道最有力的工具，经过胃镜检查，95%以上的上消化道疾病都能够得到明确的诊断。胃镜是纤维胃镜，长度为1.1米左右，有的从口腔进入，比较先进的可从鼻腔进入。从食管入口开始观察整个食管、胃以及和胃相连的下面的十二指肠，多数都能够通过胃镜观察。除了看到胃黏膜层的表现之外，胃镜还可以通过活检孔道抓取胃黏膜组织做病理检查，即活体组织检查。病理学检查能够对疾病的整个病理过程、严重程度，甚至预后做出明确诊断。
我国胃和十二指肠疾病的第一大病因是幽门螺杆菌，也能够通过胃镜判断，还可通过胃镜下取胃黏膜进行快速尿素酶试验加以确诊。通过取样培养幽门螺杆菌，进行体外细菌培养，检测敏感抗菌素，帮助临床医生确定诊疗方案。所以胃镜检查是上胃肠道疾病诊断最有效、最快捷的工具，消化科门诊多数的医生都会建议长期、较严重的患者进行内镜检查。
