尿里有鳞状上皮细胞，提示有慢性尿路感染的情况，也可能是因为存在慢性膀胱炎，导致膀胱黏膜出现炎症性改变，引起黏膜脱落。也要注意，女性患者如果检查出鳞状上皮细胞，可能来源于阴道分泌物，阴道分泌物随尿液混入送检的尿中，也会出现鳞状上皮细胞增高现象，需要留取中段尿。
在留取中段尿前需要将会阴部、尿道口清洗干净，再次进行复查，观察是否仍然有鳞状上皮细胞，如果没有，则不需要担心。如果仍然有，建议多喝水，吃广谱抗菌素，如左氧氟沙星、呋喃妥因等。
一般治疗3-5天后再次复查，如果仍然有比较多的鳞状上皮细胞，建议做膀胱镜，观察膀胱黏膜、尿道黏膜是否有病变，如果有病变，需要取组织进行病理学检查，排除是否有泌尿系统鳞状上皮癌存在，如果有鳞状上皮癌，需要早期进行手术治疗。
