如果是完全正常的病人，无痛胃肠镜的检查过程通常是20分钟左右。胃肠镜检查与技术操作水平，以及病人本身的病变程度有关。有时在胃镜下看到小息肉，原则上是建议直接进行处理、活检，因为再次预约肠镜有可能无法找到病变。如果发现有可疑病变要取活检，这时耗费的时间会相对较长。
另外胃镜和肠镜内镜下如果看到出血病变，可能进行止血治疗，会相应延长时间。极个别病人肠道特别长，胃镜较为困难，时间会相对延长。胃镜时间较容易把控，因为食管和胃腔隙较大，解剖结构比较简单，通常在10分钟以内能够检查完毕。但是并非越快越好，一定要仔细进行观察，避免遗漏病变。
