小肠镜常用双气囊小肠镜，通常分两次进行，一次是从口侧进入如同胃镜检查，另一次从肛侧进入进行，排除胃或结肠问题，明确小肠病变。对操作者要求较高，若病人无法耐受，可选择无痛小肠镜进行检查。
首先患者应进行肠道清洁，病人为侧卧位，如同胃镜过程。医生操作时可经过食管、胃进入小肠，由于肠镜长度一定，无法深入后，在此部位标记钛夹或组织夹，择期或当天重新从肛侧进入；其次经过肛门、直肠、乙状结肠，以及降结肠、横结肠、升结肠再到回盲部，再往小肠深入，尽可能找到之前标记点。到达标记点说明两次检查汇合，可观察小肠情况，根据所观察情况诊断，或进行活检以及治疗等，为小肠镜检查全过程。
