慢性骨髓炎治疗较困难，根据病情轻重、病因，以及个人体质、治疗方法不同而定。大部分慢性骨髓炎可控制症状，部分慢性骨髓炎可治愈，但仍存在少部分慢性骨髓炎不能治愈，极少数慢性骨髓炎患者可出现肢体截肢现象。
慢性骨髓炎主要是由于骨感染后，出现较严重的局部病灶，可诱发出新的骨坏死，并且阻滞全身药物及其他治疗效果。目前随着药物治疗骨髓炎的进展，包括特殊制剂应用控制与治疗，以及手术方法进展包括切除大段病灶、良好的皮肤修复，以及骨水泥、骨延长技术进展，可使多数慢性骨髓炎症状得以控制甚至好转。
部分骨髓炎患者经过积极治疗，身体状况较好且恢复较理想，但部分慢性骨髓炎由于病情较广泛，较难清除病灶。此外，患者个人体质较弱且长期患病，身体愈合能力与抵抗力较差时，病情反复难以治愈，甚至部分慢性骨髓炎出现大段骨坏死与关节破坏，关节丧失正常功能，可能需要截肢。
