急性化脓性骨髓炎选择抗生素需要有效、联合、足量、足疗程，按照这样的原则选择抗生素。根据血培养或者分泌物的培养和药敏试验，选择敏感抗生素，用药周期比较长，至少要持续4-7周。一般的情况下，早期住院治疗，通过静脉给药，静脉给药效果是比较确切的，静脉给药3周，经过治疗，病情比较稳定了，很多病人都该出院了。出院之后，改成口服抗生素，还要继续应用3周，等到体温正常，化验白细胞数、血沉、C-反应蛋白都恢复正常，并且症状和体征明显改善或者消失以后，得需要2周，才能停药。疗程也不是固定不变的，4-6周是在比较早期，早期诊断清楚开始治疗，通过保守治疗能治好的病人，这个疗程比较有意义，并且是以采取了比较有效的抗生素治疗，更有意义。通过药物治疗，没有效果，甚至病情加重，需要手术治疗。骨髓炎治疗并不是单纯用药，必要时还需要及时的手术治疗。
