慢性骨髓炎形成死骨以后，必须把死骨拿出来才有可能治好。小块死骨可以被吸收或经过骨漏孔排到体外，或经过爬行替代作用可以再生，即重新再形成正常骨质。但大块死骨会长期停留在骨性包壳内，骨性包壳即慢性骨髓炎在死骨周围由于机体修复会形成骨性包壳，死骨在包壳内，包壳内是死腔，死骨周围都是脓液或者炎性肉芽组织，会造成长期不愈。这时取出死骨应该在骨性包壳形成以后进行，因为死骨清掉之后，骨性包壳不再完整，容易造成骨折。在如今的技术下也可以早取死骨，因为有外固定技术可以通过外固定增加骨强度，可以预防再次骨折。因为周围有骨性包壳，所以必须在骨性包壳进行开窗，将骨头进行开窗后才能把死骨取出，并不是单纯只取骨头。因为死骨周围还会有很多肉芽组织、脓液，包括坏死组织以及瘢痕，这时一定要将其清除干净，做到广泛彻底的切除，直到周围出现健康组织。现在经常说的骨头出现红辣椒征，即骨头表面会出现均匀的出血点，才是比较健康的组织，要做到宁多勿少，宁可多切，也不要留下病变组织。死骨清除以后骨性包壳内会形成空腔，这时可以用肌肉瓣填塞植骨术，可能会需要二期植骨，从身体其它部位取一块自身带血供的骨瓣，将带血管的骨瓣一起植入，可以做碟形手术，即比较表浅的部位可以通过逐渐换药后，空腔爬满肉芽自己慢慢愈合，还包括大网膜填塞以及胎盘填塞术。医院现在多采取载药的磷酸钙或硫酸钙骨粉填塞，硫酸钙和磷酸钙骨粉可以自行吸收不需要二次手术取出。如果判断死骨取出以后骨头强度下降比较明显，需要外固定保护，创伤造成的骨髓炎往往形成节段性死骨，即这一段都会形成死骨，清除以后会形成阶段性骨缺损，可以采取植骨、带血管骨瓣、骨搬移或膜诱导技术来解决长段骨缺损。