在泌尿系统结石的治疗中，中医药治疗也有一定的疗效，目前用于结石治疗的单位草药，包括车前子、金钱草、鸡内金等，中成药包括尿石通、肾石通、排石颗粒等，但是对于泌尿系统结石的治疗，中医治疗并不是主流。
主流的治疗方法包括自然排石、体外冲击波碎石以及手术碎石，在自然排石的治疗中，要选择直径＜0.6cm的结石，表面光滑下尿路无梗阻，在局部停留时间＜2周，最好是尿酸结石或者胱氨酸结石，通常超过0.6cm的结石也有排出的可能，但是概率较小。
对于较大一点的结石，可以选择体外冲击波碎石。体外冲击波碎石，是一种安全有效简单的治疗结石的方法。通常在门诊就可以进行，创伤小，随着结石体积增大，还可以选择手术碎石。
手术碎石目前已经微创化，通常都是内镜下进行治疗，常用的技术包括输尿管镜，输尿管软镜和经皮肾镜技术碎石、取石。目前开放手术已经不再是治疗结石的主流方法，仅适用于需要同时处理其他疾病时，才考虑行开放手术或者腹腔镜的切开取石。
