植物神经紊乱在医学上较难诊断。其诊断属于排除性诊断，通过排除其他疾病来诊断。
1、心脏植物神经紊乱：如果有心慌、胸闷等，则需排除心内科疾病，检查心脏超声、心电图、心肌酶、肌钙蛋白，未发现异常，患者可能患有心脏神经官能症，由心脏植物神经紊乱引起；
2、躯体形式障碍：如果有头痛、头晕、恶心、呕吐、失眠、心绪不宁等，检查未发现脑内、甲状腺等有异常，患者可能有轻焦虑和抑郁、烦躁的表现，仅有躯体上的表现，属于躯体形式障碍；
3、植物神经紊乱：还有部分患者有恶心、呕吐等，但胃镜、肠镜等检查未发现病变，进一步于神经科就诊，完善相关检查，仍未发现异常，可能是由于植物神经紊乱造成。
所以植物神经紊乱一般属于排除性疾病，患者出现症状，专科医生排除相关疾病后，可考虑为该疾病。如考虑为植物神经紊乱引起，常应用抗焦虑、抗抑郁的药物，可取得较好疗效。
