肛瘘是在肛门处形成的慢性肛周脓肿，肛瘘感染的内口通常位于肛门里，最常见的是在肛门齿状线肛门腺、肛隐窝的部位，也就是在肛门和直肠交界的部位。

肛瘘的外口一般位于肛门周围皮肤，通常离肛门的距离不远，几厘米以内，在内口和外口之间有一个通道，称为瘘道。肛瘘的形成主要是由于肛门急性感染导致，肛周脓肿破溃以后形成外口，待炎症逐渐消退后形成的慢性感染，称为肛瘘。

肛瘘病人可以表现为肛门周围反复的破溃、流脓、流血、疼痛，而肛瘘最开始的感染是由于在肛门处产生暴力，比如便秘、腹泻导致肛腺、肛隐窝损伤，进而出现感染口。粪便在感染口的局部存留，在抵抗力低下时会加重感染形成肛周脓肿，肛周脓肿会继发外口破溃，逐渐形成肛瘘。

实际上认为肛周脓肿、肛瘘以及肛腺、肛隐窝感染，属于同一个疾病的不同阶段。