子宫内膜结核的治疗，最重要的治疗手段是使用抗结核药物的治疗。治疗过程中，根据病情的轻重程度不同、治疗方案及疗程不同，并且依据细菌培养结果制定一套治疗方案，但是一般至少需要1年以上的疗程。如果出现耐药等情况，还需要延长治疗时间，甚至达到2年以上。有些内科治疗效果不好的病人，考虑手术治疗。
子宫内膜结核抗结核药物的治疗，为了达到理想的效果，在治疗过程中，必须始终贯彻结核病化疗的五项原则，即早期、规律，联合、适量、全程的原则。在治疗过程中患者应具有良好依从性，切勿擅自停药、减药，以免造成治疗不彻底，容易复发或者耐药的产生。患者在治愈停药以后，建议定期复查一段时间，才能保证以后不易复发。子宫内膜结核的患者，经过规律全程的抗结核治疗后，出现复发或者播散至其它器官情况较为少见。
