经食道超声心动图是将探头从食道插入到心脏后方，观察心脏的病变情况，目的是排除肺气对检查的干扰，采集的图像更加清楚，而缺点是切面比较少，能看到的结构比较局限。做该项目一般风险不大，但是对于体质极度虚弱、持续高热不退、麻醉剂过敏、严重心律失常、严重心力衰竭、不稳定性心绞痛、急性心肌梗死、血压高或者是过低的患者、咽部或食道病变如溃疡、静脉曲张病症的患者是禁忌症。患者在检查中会有恶心，患者耐受程度不同，不适感轻重也有所不同。检查后会有咽部不适或者是轻度恶心症状，部分患者咽部会有水肿出血，注意要清淡饮食，检查当天半流质饮食，休息即可，一般不会留下后遗症。
