儿童慢性咳嗽的处理原则是明确病因，并针对病因进行治疗；病因不明者可进行经验性的对症治疗；如果治疗后咳嗽症状没有得到缓解，应该进行重新评估。慢性咳嗽诊治的过程中，患儿父母的期望应该得到关注与重视，且强调治疗后随访和再评估的重要性。慢性咳嗽的患儿要注意去除或避免接触过敏原、烟雾等环境诱发和加重咳嗽的因素，具体治疗如下：
一、咳嗽变异性哮喘：建议予以口服β2受体激动剂，如丙卡特罗，特布他林等做诊断性治疗1-2周，咳嗽症状缓解则有助于诊断，一旦明确诊断咳嗽变异性哮喘，需按哮喘长期进行规范治疗，选择吸入性糖皮质激素、口服白三烯受体拮抗剂或两者联合治疗，疗程至少8周。
二、上气道咳嗽综合征：需根据引起儿童慢性咳嗽的不同上气道疾病采取不同的治疗方案，包括：
1、过敏性鼻炎也称为变应性鼻炎，可给予抗组胺药物，鼻喷糖皮质激素治疗或联合鼻黏膜减充血剂、白三烯受体拮抗剂同时治疗。
2、鼻窦炎的孩子予以抗菌治疗，可选择阿莫西林或阿莫西林克拉维酸钾、阿奇霉素等口服，每个疗程至少2周，辅以鼻腔灌洗，选用鼻腔局部的减充血剂或祛痰药物治疗；
3、增殖体肥大需根据肥大的程度治疗，轻中度可选择鼻喷糖皮质激素，联用白三烯受体拮抗剂，治疗1-3个月后，观察等待临床的效果。
如果药物治疗没有效果可采取手术治疗，其他引起慢性咳嗽的病因强调是病因对症和对因治疗，不同疾病的治疗方案和时间都不一样。