瘘管和窦道的主要区别在于瘘管通常除了一个管道还有两个开口，而窦道通常是一个管道，只有一个开口，另一端是封闭组织。在人体的组织病变里，比如慢性感染会形成窦道以及瘘管，比如肛肠外科比较常见的疾病肛瘘，会有瘘管和窦道两种情况的存在。
瘘管在肛门感染时会先出现一个内口，通常在肛门的齿线，肛隐窝的部位，感染加重时会形成脓肿，脓肿如果破开，会在皮肤形成了新的开口，称之为外口，有一个内口、一个外口，中间的通道就叫做瘘管。而如果有内口，形成了肛周感染而导致脓肿，但是脓肿外口没有破开，炎症通过提高抵抗力或者消炎等方法消退以后会形成窦道，只有一个管道口的情况称为窦道，这就是瘘管和窦道的大概区别。
