烟曲霉菌肺部感染的临床表现也像其他肺部感染一样，有呼吸道的症状，咳嗽、咳痰，还可以有咯血、胸痛、喘息等临床表现，还有全身感染的表现，如发热、乏力，还可以伴有恶心、呕吐等消化系统的表现。
烟曲霉菌是肺部真菌感染当中比较常见的一种曲霉，除了烟曲霉，还有黄曲霉、黑曲霉、土曲霉，都可以引起肺部感染，一般的肺部感染，都可以有咳嗽、咳痰，无论是曲霉菌还是烟曲霉菌的感染，都可以出现咯血，还可以引起胸痛、喘息，临床上可以听到喘鸣音。在影像上有一些曲霉菌感染，有比较特异性的表现，这种感染可以出现结节、晕征，可以形成空洞，空腔可以形成空气新月征，晕征、空气新月征是曲霉典型的表现。
单纯的从症状来看，咳嗽、咳痰等表现特异性不强，如果结合影像学，就可能更多的提示是烟曲霉菌感染，如果再结合病原微生物，才能最后确诊。如果痰培养取得这种病原，比如支气管肺泡灌洗，甚至组织学病理学的表现，或者病理发现有曲霉菌，培养出了曲霉，以及查血有曲霉菌的IgG抗体升高，都提示是曲霉菌的感染。在组织里或者肺泡灌洗液深部的标本，培养出来的曲霉菌是确诊的标准。
