三联疗法根除幽门螺杆菌，常用药物为质子泵抑制剂，如奥美拉唑、雷贝拉唑、泮托拉唑等，此类药物副作用较小，极少数患者可能出现头晕、双下肢水肿等现象。三联疗法抗生素选择应根据患者敏感度及幽门螺杆菌耐药性决定。
抗生素常用阿莫西林、克拉霉素、左氧氟沙星、替硝唑等，不同患者可出现不同反应，常见副作用为过敏，医生应仔细询问患者过敏史。克拉霉素常见副作用为口苦，停药后口苦症状可消失。替硝唑常见副作用为口内异味，如金属味，停药后可立即缓解。极少数患者服用抗生素后可能出现肠道菌群失调，导致腹泻、便秘等症状。如出现过敏现象较为严重，如出现皮疹、呼吸困难等现象，建议及时就医治疗。
