造成肛周脓肿的原因，主要有两个，具体如下：

1、肛隐窝腺：其来源就是肛隐窝腺的来源，肛隐窝腺是位于肛管内外括约肌之间的腺体，开口于肛门内，当有某些因素如腹泻时，稀便带着细菌，从肛隐窝进入到肛门腺，肛隐窝腺体以后造成肛门腺的感染。这种感染沿着自然的解剖结构向周围挤时，就形成了肛门周围的脓肿，有表体脓肿、肛周皮下脓肿，以及坐骨直肠窝脓肿、骨盆直肠窝脓肿、骨盆脓肿、直肠后脓肿等深部脓肿；

2、中央腔隙切除：中央腔隙切除的细菌来源，就是皮肤的细菌逆行通过皮肤进入到中央腔隙造成的感染，一般为化脓性感染性脓肿。脓肿向周围挤时，也可以形成不同深度的脓肿，表浅的脓肿即皮下脓肿。中央腔隙切除主要存在的原因，就是发现肛周脓肿有部分病人并没有内口，经过牵引后就能够痊愈，这是中央腔隙学说的道理所在。来自肛性感染的肛周脓肿往往会存在于肛门里这种内创，在切开引流治疗时最好是要把它在肛隐窝腺的位置即内口处理掉，可以预防继发肛瘘。