补脾益肠丸对于一些脾气虚弱、脾肾阳虚，出现腹胀纳差、大便稀溏或者是脘腹部怕冷、喜暖喜按、面色苍白、面色萎黄、气短乏力的病人，疗效比较好。但是由于补脾益肠丸有健脾、温肾的温补作用，所以，对一些胃阴不足、阴虚肠燥的病人就不适用。
比如一些胃阴不足的病人，会出现胃脘部隐隐作痛、嘈杂、反酸、口干、咽干、大便干结，有人会出现比如潮热盗汗、五心烦热、舌红少苔、脉细数，以胃阴虚、阴虚肠燥为主的病人，就不太适合用补脾益肠丸。
另外，病人胃中火气大、胃火亢盛，比如牙龈肿痛、口舌生疮，这样的病人也不太适合吃补脾益肠丸，吃了以后会导致上火更加明显。
