清洁灌肠通常是在直肠、乙状结肠，在离肛门较近段的肠管进行。通常会给病人反复灌注生理盐水，首先灌注500ml，保留3-5分钟，甚至10分钟，排泄以后，关注大便形状。

其次再进行灌肠，灌注500ml液体后让病人转化体位，加长保留时间，可以保留10-20分钟。之后可以反复进行灌肠，直到灌进去的液体没有明显粪便即可。如果要做肠镜或者腹腔手术，则不建议采取清洁灌肠，需要口服泻药，以进行肠道准备。