先天性肺炎，是由于先天因素所导致的肺泡异常、肺内代谢异常，以及肺内气道结构异常，导致肺部的炎症性病变。正常肺组织有正常的代谢功能，通过气道能有效排出痰液，如果肺组织结构出现异常，肺泡不能正常膨胀或不能正常代谢。肺泡容易出现炎症，容易受到感染因素的影响，导致患者出现肺部的炎症反应。
如果是气管、支气管，特别是细支气管的结构出现异常，造成痰液排出不畅，会造成气道的梗阻或感染，容易发生局部的肺部炎症反应。部分患者肺泡结构异常，也会受到感染因素的影响，出现病毒感染、细菌感染或支原体感染。所以先天性肺炎的患者，应进行抗炎治疗，同时要积极查找引起先天性肺炎的原因。
