卵圆孔介入手术的痛苦非常小，如果开胸进行心脏手术，来完成卵圆孔的手术痛苦可能较大。开胸手术需要劈开胸骨、切开心脏，还需进行体外循环、全身麻醉，痛苦可能远远高于介入手术。
介入手术是指通过一根导丝穿刺股静脉，在患者清醒的情况下，可以与医生对话的状态下，将导丝送入心脏。通过导丝跨过卵圆孔，将封堵伞送进心脏内将卵圆孔封闭，再将导丝推出，压迫局部止血完成手术。
卵圆孔介入手术的痛苦，主要在于穿刺和导丝进入心脏进行操作的过程中，可能会略有不适。另外介入手术术后恢复比较快，通常几天后可以出院。如果进行开胸手术，1-2周的时间可能尚未出院，且术后需要3个月左右的时间进行恢复，修复胸骨。
综合来看，卵圆孔介入手术的痛苦要低于其他治疗方式的痛苦。不建议过度只关注某一点带来的痛苦，要综合考虑疾病对身体的损伤，并和其他治疗方式进行对比。相对而言，介入治疗方式痛苦最轻、最小，是最为适合的治疗方式。
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