男孩出现小便疼痛，通常有以下几种原因：

1、尿道感染：通常尿液经过尿道时，如果有明显的尿道损伤，细菌容易从尿道口进入到尿道种植感染，严重时可导致尿道局部黏膜出现破溃，排尿是容易出现明显的尿痛；

2、包皮、包茎感染：部分男孩可能由于包茎严重，包皮口容易形成肿块样改变，导致排尿不通畅，长期出现尿垢形成在包皮内，从而阻塞尿道，出现排尿疼痛感。如果有细菌进入包皮，容易产生局部包皮龟头炎，甚至出现局部包皮脓肿，有时尿道口还会出现分泌物，此时通常排便时容易出现疼痛症状。

如果出现明显小便疼痛，但没有出现包皮红肿，多半存在尿道感染，通常检查尿常规明确尿道感染程度，从而使用广谱抗生素，如头孢类药物进行治疗，可以达到明显的缓解效果。但也有部分男孩尿道包皮口有明显红肿，通常需要到医院进行抗炎治疗，同时将明显的包皮脓肿挤破，将脓液排出，则大部分的排便痛的症状可以明显缓解。