蛔虫主要寄生在人体的小肠和胆道，小肠寄生主要在空肠、回肠、阑尾的部位，有的病人可以在阑尾处发现蛔虫的虫卵沉积所形成的肉芽肿的钙化。蛔虫寄生在空肠和小肠的部位，通过小肠镜可以看到蛔虫的寄生，或者通过钡餐发现在小肠部位可以有线状蛔虫样的虫体样结构。
蛔虫由于其钻透功能，所以还可能出现肠梗阻或者肠穿孔。同时蛔虫可以通过钻透功能而到达胆囊，从而在胆囊寄生。所以在驱蛔虫治疗之前，一定要做肝胆的B超，看胆道系统是不是有蛔虫的寄生。如果有，可能要采取手术，或者通过腔镜，完成胆管系统蛔虫的取出，然后进行杀虫治疗。
因为不管使用的是阿苯达唑也好，还是甲苯咪唑也好，对蛔虫都是驱动作用，而不是碎解作用。所以在驱动过程中，可能由于蛔虫的钻透功能，从而出现一系列后续的严重情况。所以要确保像胆道等其他系统没有蛔虫，才可以针对肠道进行驱虫治疗。
