胆汁反流性胃炎的根治方法为药物治疗，具体如下：
1、胃动力药物能增加胃肠道蠕动，抑制胆汁反流入胃，促进反流物排空，常用的有多潘立酮、莫沙必利等；
2、胃黏膜保护剂种类较多，主要作用包括能与胃黏膜的黏蛋白结合形成保护膜，以减轻反流的胆汁和胃酸对胃黏膜的刺激，加强消化道黏膜屏障的作用，有利于胃黏膜的再生，促使胃黏膜分泌黏液，从而保护胃黏膜促进炎症愈合的作用。结合胆盐类药物，如铝碳酸镁，通过与胆酸和溶血磷脂酰胆碱结合，进而减轻胆盐对胃黏膜的损伤，对胆汁反流性胃炎效果明显，为临床上主要用药；
3、阴离子交换树脂，口服考来烯胺后释放出氯离子与胆酸结合，形成不可溶不吸收的复合物加速胆盐及粪便排出，减少胃黏膜损害；
4、抑制胃酸药，胃酸和胆汁有叠加的作用，对胃黏膜的损伤作用强，抑酸药对胆汁反流同样有效，如H2受体阻断剂、质子泵抑制剂。
