局限性脑萎缩需要治疗，包括狭义治疗和广义治疗。狭义治疗主要针对病因进行治疗，若由大脑缺血、缺氧引起的局限性脑萎缩，需要给予活血药物，改善血液循环以改善局限性的脑萎缩。若为炎症引起，可给予针对炎症的治疗，还有部分患者可能为后遗症、外伤性或肿瘤性的原因，也要针对病因进行治疗。
广义治疗包括病因治疗以后的大脑功能障碍，或引起相应区域的病变出现的症状来进行治疗。可以使用营养神经药物，主要有神经节苷脂、促神经生长因子、脑蛋白水解物等，均可有效改善大脑的萎缩症状。另外可以给予康复治疗，特别是大脑损伤半年以内，给予积极的康复锻炼能有效改善大脑功能，主要是通过形成新的大脑神经环路改善症状。80%-90%的患者可通过功能锻炼，加强营养神经的药物，以及积极的病因治疗使症状得到改善。
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