肛门疼痛应用头孢类药物是否有效，需要根据造成肛门疼痛的疾病类型来分析。部分疾病应用头孢类的抗生素，可能有效，但绝大多数引起肛门疼痛的疾病，应用抗生素无效。
有一种情况，如肛周组织的感染状态，是被微生物入侵所造成的炎性疾病。此时应用抗生素，可以控制细菌，从而控制炎症的进一步发展，则有一定效果。
但是绝大多数肛周的感染性化脓性疾病，应用抗生素治疗都并不彻底，都不是首选的治疗方式，都应该予以切开引流。其他类型的引起肛门疼痛的疾病，如肛裂或者是痔疮的血栓形成，这些疼痛类的疾病应用抗生素都是无效的，因为这些疾病的病因不是细菌感染。
所以，如果有肛门疼痛，是否应用抗生素，需要根据具体情况来具体分析。但是绝大多数肛门的疾病，抗生素的应用都不是首选项。
