甲状腺囊肿出血不一定会自愈，这取决于囊肿的大小，也取决于囊肿的性质。如果是甲状腺里边比较小的囊肿，有一个腺泡形成的，在超声下发现有囊肿，过段时间再去查，可能这个囊肿消失了，这种可能会自愈。但是如果是结节变成囊肿，或者本身是比较大的囊肿，这种情况下，这个囊肿不会消失，一旦形成也不会自愈。

囊肿的出血一般是囊肿扩大、囊肿里边的血管破裂，或者血压升高受到了震动，导致囊肿出血。这种出血的囊肿，如果出血比较少，可能会吸收。如果出血比较多，患者可能会有疼痛、不适，甚至压迫症状、声音嘶哑，是不能够完全吸收的，也是不会自愈的。这种比较严重的出血，可能需要手术切除整个囊肿，把血吸干净。因此甲状腺的囊肿如果伴有出血，多数是不会自愈的。

另外还要看囊肿的性质，如果是良性的囊肿，问题不大。如果是恶性的囊肿不去治疗，肿瘤可能越长越大，甚至有可能发生转移。因此，对于比较大的囊肿，尤其伴有出血的囊肿，建议外科手术治疗为妥。