判断生理性囊肿首先对囊肿做详细检查，如超声、肿瘤标志物检查，检查都没有问题考虑是生理性囊肿。其次做动态观察，一般在检查之后的1-3月再次复查，生理性囊肿通常都会消失、变小或变化不大。所以判断生理性囊肿，做全面检查然后再进行动态观察和随访，即可判断是生理性囊肿。
卵巢上产生囊肿的机会比较多，有卵巢的恶性肿瘤或良性肿瘤，还有一部分其实是生理性囊肿，生理性囊肿根本不需要手术，所以判断是不是生理性囊肿就变的很重要，而且卵巢生理性囊肿主要包括卵泡或黄体，因为卵巢每个月都会产生卵泡，然后排出去最后形成黄体。在此过程中部分卵泡没有排出或黄体没有及时萎缩，会出现囊肿，所以此时并不用过分担心，只要做好检查然后动态观察，一般都能确定是不是生理性。
