角膜炎自愈的可能性比较小，因为角膜炎分为感染性角膜炎和免疫性角膜炎，感染性角膜炎的病原体又分为细菌、病毒、真菌、支原体。通常感染程度比较轻的病毒性角膜炎可能自愈，但大多数感染性角膜炎需要进行治疗。病毒性角膜炎和病毒性结膜炎不同，结膜炎可以有自愈的可能性，但是炎症一旦侵犯角膜，尤其是向深层组织进行浸润，会继发虹膜睫状体炎等严重疾患。
另外，病毒性角膜炎可能会导致角膜局部混浊、浸润斑形成，如果不及时进行治疗，这种斑翳会在角膜上永久性存在。如果斑翳存在于瞳孔区，即光线进入眼内的部位，必然会引起视力下降。如果在急性期没有及时控制，会形成瘢痕，即使病毒可以被消除，但是瘢痕却不再消退，会影响到视力，所以建议角膜炎患者定期复查，遵医嘱用药。
