直肠黏膜层的点状糜烂未经治疗不能痊愈，发现直肠黏膜层点状糜烂需先履行诊断程序，需进行肠镜检查，观察结肠、直肠是否有糜烂面，再进行病理检查，明确糜烂性质。出现糜烂通常为直肠炎，此种直肠炎不是由细菌感染引起，而属于自身免疫性炎症性疾病，溃疡性直肠炎是其中一种。
部分情况不一定为溃疡性直肠炎，亦可能为其它刺激因素导致炎症，此时需要予以规范化治疗，治疗方式包括口服药物或肛门应用栓剂，如美沙拉嗪栓或柳氮磺吡啶栓等抑制炎症的水杨酸制剂。另一种方法为中药灌肠，中药灌肠剂的临床效果较好，通常经过7天灌肠可使糜烂修复，应用甲硝唑或激素类药物进行灌肠治疗，亦有较好疗效。
