治疗小儿衣原体肺炎首选大环内酯类的抗生素，如红霉素、阿奇霉素。但由于红霉素的胃肠反应较重，口服或输液的用药次数较多，一天需要吃2次，并且孩子的依从性较差，所以如果没有特殊的情况，首选阿奇霉素进行口服。因为1天只需服用1次，而且部分进口的阿奇霉素口感较好，更容易口服。
衣原体肺炎的治疗疗程比较长，因为衣原体是介于病毒与细菌之间的特殊病原，疗程约为1个月，而阿奇霉素疗程是服用3天，停4天。如果在治疗的过程中，比如服用1-2周以后发现效果不佳，还需警惕病原体的耐药性，因为个体对药物具有差异性，耐药的程度不同，如果产生耐药，可能需要及时地到医院调整用药。
