在阴茎体上，只有尿道外口的位置是黏膜，其他的部位，比如龟头、顶部、冠状沟的边缘以及阴茎的包皮的内板、外板，全部都是皮肤。
黏膜部分的上皮是移行上皮，此处的移行上皮和尿道里面膀胱、输尿管，乃至肾盂、肾盏表面覆盖的上皮是一样的，都是称为移行上皮。移行上皮有很好的伸展力，所以这就是膀胱有那么好的伸缩力的原因。
皮肤包括龟头的表面，包皮的内外板，都是复层扁平上皮，特点是内有真皮层，比较韧、致密，表面有角化层，所以可以耐磨。这种皮肤的表面，无论是龟头还是手指表面，还是大腿表面或者脸的表面，覆盖的都是复层扁平上皮，有一定的耐磨性，因为其表面有角质层。
由于这些组织结构的不同，阴茎的尿道外口的地方容易产生尿道炎，所以就容易产生尿频、尿急、尿痛这些感觉。而龟头、冠状沟、阴茎的包皮的地方是复层扁平上皮，所以容易被皮肤表面的细菌感染，比如大肠杆菌、金黄色葡萄球菌，成为包皮龟头炎。
