肛周脓肿的较好治疗方式为手术治疗，但在感染早起也可进行保守治疗，主要内容如下：
1、手术治疗：明确形成肛周脓肿且存在脓液时，手术为较佳的治疗手段；
2、保守治疗：肛周感染早期可形成局部硬块但无脓液，患者会出现疼痛症状，此时可行消炎治疗，包括口服抗生素甚至静脉输注消炎药、抗生素等配合物理治疗，如肛门坐浴清洁、消毒，以及局部外用膏剂或栓剂进行消炎、消肿，部分患者可得到较好缓解。
脓肿形成后通常保守治疗效果较差，部分可导致症状加重甚至破溃形成肛瘘，故而建议患者进行手术治疗，可有效控制感染及疼痛症状。部分肛周脓肿甚至可将内口一并进行处理，避免形成肛瘘。
