单纯菌血症使用抗生素治疗至少14天，但如果合并局部组织或脏器脓肿形成，疗程需要明显延长，至少需要6-8周。通常感染部位不同，疗程不尽相同，如骨组织感染，甚至可能需要半年或更长时间治疗，治疗同时还需要积极查找导致菌血症的原因与细菌来源。
菌血症指外界细菌通过体表入口或其他感染部位，进入血液中，可在血液中繁殖并随血流在全身播散，在播散过程中可能出现迁徙性感染，如肝脓肿、脑脓肿、肺脓肿、腹腔脓肿或骨组织的感染等。
如果出现上述情况，单纯使用抗生素通常不能完全解决问题，甚至体温控制也比较困难。此时需进行对脓肿部位穿刺引流，在充分引流的前提下，再应用适当抗生素，才能有效控制感染发生。如果形成局部脏器脓肿，疗程会相对比较长，特别是合并骨组织感染或抗生素药物较难达到部位，治疗疗程可能比6-8周更长，甚至需要0.5-1年。
