小便时肚脐眼下面有点疼多是由于膀胱炎、尿道炎或输尿管末端结石引起，具体如下：
1、膀胱炎：大多由于脐尿管炎症引起，当膀胱容量变化时牵涉脐尿管出现疼痛，表现为排尿时下腹部疼痛，可以应用药物治疗，也可以进行手术，如脐尿管囊肿切除或脐尿管切除治疗；

2、尿道炎：尿道炎症以后，由于尿液刺激，在排尿时出现疼痛，疼痛沿着尿道韧带放射到小腹部，出现小腹部疼痛。对于轻微的尿道炎，排尿时出现疼痛是一种常见现象，可以应用抗生素治疗，在没有得到病原菌培养结果以前，可以根据经验应用喹诺酮类抗生素，如环丙沙星或左氧氟沙星，也可以应用清热解毒、通淋利湿的药物；

3、输尿管末端结石：随着膀胱容量变化及膀胱收缩时疼痛加剧，常伴有尿频、尿急等症状。建议做体外振波碎石或者经尿道取石治疗，经过多喝水、休息、对症处理，症状大多可以消失或缓解。