尿液发黄有异味，在临床上主要考虑泌尿系感染，一般女性患者发病率更高，是男性患者发病率的3倍以上。尿道外口周边的致病菌，如大肠杆菌、金黄色葡萄球菌和变形杆菌等，这些细菌有较强的尿路黏膜的黏附性，侵入尿道后，细菌表面的鞭毛，缠到尿道黏膜后，会造成尿道黏膜的充血、水肿、肿胀，使感觉神经外露，从而造成逆行性感染。

泌尿系感染患者会有尿频、尿急、尿痛的症状，大量尿道黏膜充血、水肿、肿胀，易进入到膀胱，而充血、肿胀的细胞易脱落，会进入到尿液中，加上尿液代谢的废物，和细菌混在一起，易让尿色发黄，甚至成为脓尿，且脱落的细胞里，有较多蛋白质，会导致尿液的异味加重。