非淋菌性尿道炎一般使用抗生素治疗，抗生素对于非淋菌性尿道炎的治疗效果最好，常用的抗生素有头孢类、喹诺酮类、四环素类、磷霉素等。一般非淋菌性尿道炎口服抗生素就可以，不需要静脉输液。
非淋菌性尿道炎在男性相对常见，也属于性病的一种，一般跟不洁的性接触有关系。男性通常会表现为尿痛、尿频，甚至尿急、尿道有灼热感，尿道有分泌物，尿常规检查白细胞明显增多，但分泌物不像淋病那样黏稠，一般都是比较稀薄的分泌物。
淋病的治疗周期一般是两周左右，口服抗生素两周，当临床症状完全消失，尿常规检查完全转阴才认为是治愈。非淋菌性尿道炎在治疗好转以后也要注意预防复发，治疗后要多喝水、多排尿，尽量不要喝酒，喝酒容易导致非淋菌性尿道炎复发。
另外要注意性生活的卫生，尽量避免不洁的性接触，比如性交或者接触一些不干净的卫生用品等，可以减少非淋菌性尿道炎的复发。另外使用抗生素的同时也可以用一些中成药或者中药，比如通淋、祛湿的药物，像三金片、热淋清颗粒、萆薢分清丸，都可以作为辅助用药一起使用，可以达到更好的治疗效果。
