男性生殖器以及脐部出现疼痛，常见于以下几种原因：

1、泌尿生殖系炎症性病变：比如尿道炎、膀胱炎、前列腺炎等，可以表现为生殖器疼痛；

2、结石病变：比如输尿管结石，通常可以向生殖器部位放射，如果膀胱结石排到尿道里，可以引起尿道局部疼痛，有时反映为阴茎疼痛；

3、脐尿管发育异常：肚脐在最早生长发育过程中与泌尿系相连，即肚脐与膀胱之间有一根管子相通，称为脐尿管。如果脐尿管在发育过程中没有完全闭合，或后来发生感染性病变，患者也可表现为肚脐疼痛。