女生小便时尿道刺痛有以下几种原因：

1、泌尿系感染：首先要排除有没有泌尿系感染的可能，因为女生容易出现泌尿系感染，女生尿道偏短且靠近阴道，月经血或性生活分泌物可能会通过尿道逆行感染，引起尿道炎甚至膀胱炎。女生泌尿系感染最常见的症状是尿道刺痛，还会有尿频、尿急、下腹部坠胀、血尿，甚至发烧的症状，做尿常规检查如果提示白细胞明显增多，就可以诊断为泌尿系感染；

2、泌尿系结石：还有些女生有结石，也会出现尿道刺痛，比如输尿管末段结石刺激膀胱，可能会产生尿频、尿急、尿痛，结石掉入膀胱进入尿道的时候，可能会引起尿道刺痛。此种情况下，可能会有血尿，通过B超检查可能发现结石；

3、尿道综合征：有些女生出现尿道刺痛可能与尿道综合征有关，即不明原因导致尿频、尿急、尿痛等症状。

所以，女生出现尿道刺痛，首先要做尿常规检查判断是否为感染，再进行相应的检查，寻找导致尿道刺痛的原因进行治疗。