隐球菌脑膜炎会引起后遗症，往往是因为早期治疗不及时，颅高压或脑实质损害引起。后遗症主要表现为听力下降、失明、意识障碍等。碰到过一个病例，患儿5岁，早期因没有及时诊断隐球菌脑膜炎，在治疗过程中，颅高压控制效果不是很理想，最终导致视神经不可逆损害，双目失明。虽然患者最终治愈，但是遗留失明的后遗症，对后期生活带来很多不便。
所以隐球菌脑膜炎在早期治疗时，在考虑到结核性脑膜炎、病毒性脑膜炎、化脓性脑膜炎的同时，同时也要警惕隐球菌脑膜炎的可能。如进行隐球菌荚膜多糖抗原等检测，早期明确筛查、早期确诊、早期治疗，可能对避免后遗症的发生起到一定积极作用。
