大多数普通的肺炎支原体病不会留下后遗症，经过正规、足疗程的抗支原体感染之后，病情能够痊愈，对后续一般也没有影响。少部分重症的肺炎支原体感染出现重症肺炎后，可能继发闭塞性细支气管炎，即BO，这部分重症肺炎，支原体肺炎引起的BO可能比较麻烦，可能后续还需要长时间的治疗。
如果明确是肺炎支原体感染，除了进行普通的对症处理之外，还要对肺炎支原体进行病原学的治疗，可以选用大环内酯类抗生素进行抗支原体治疗，可以选用阿奇霉素、红霉素、环酯红霉素类药物，阿奇霉素可以选择吃3天停4天的疗法，或者吃5天停2天的疗法。治疗周期一般可能需要2-3个周期，比较重症的可能需要3-4个周期，也可以选用环酯红霉素、红霉素这一类药，一般可能需要10-14天。经过足疗程的抗支原体治疗，大多数肺炎支原体感染能够痊愈。
